El primero de febrero del año 1980 llegan a Comayagua las Hermanas: Juana Margarita Espinal Pineda y María Floreny Morales Monge (Q.D.D.G.), de la Congregación de Hermanas Franciscanas de la Inmaculada Concepción, Provincia de “El Divino Salvador”, a petición de Monseñor Geraldo Scarpone O.F.M., en aquel entonces, Obispo de la Diócesis de Comayagua.
Las hermanas que iniciaron esta fundación vinieron con gran desea de trabajar para extender el Reina de Dios y de hecho no tenían casa propia, vivieron en una casa alquilada y luego pasaron a vivir a una casa que Monseñor les construyó contiguo a la Iglesia de la Caridad, donde ellas colaboraban en unión de un Patronato para la reconstrucción y reparación de dicha Iglesia. También se encargaron de la Catequesis para niños, formación de adultos, Educación religiosa, clases de español en el Instituto la Inmaculada y trabajaban en las oficinas de Caritas de la Diócesis. Así transcurrieron los 1981 y 1982 trabajando en la Evangelización, dando a conocer la Buena Nueva de nuestro Señor Jesucristo con toda su entrega y dinamismo que caracteriza a las Hijas de San Francisco de Asís.
A finales del año 1982 Surgió la idea de fundar una escuela católica privada, así, Madre Juana Margarita Espinal Pineda, hace la petición a Madre. Provincial Matilde Tapia Cervantes (Q.D.D.G) de construir una Escuela de la Congregación que se llamaría “El Espíritu Santo”, para dicha construcción se inició comprando el terreno cuyos dueños eran 20 accionistas del Club de Leones , algunos donaron su acción, colocando así la primera piedra de la Escuelita como cariñosamente la llamaban.
La construcción se llevó a cabo gracias a la colaboración de los que nos donaron materiales de construcción: arena, cemento, grava y a la donación extranjera de Caritas de Alemania; cómo también las actividades que las madres realizaban los fines de semana que era venta de pupusas. Fue así como el 15 de enero de 1983 se dio inicio a la matrícula para niños/as de Kínder, Preparatoria y de primero a cuarto grado en total fueron 120 alumnos los que iniciaron ese año escolar. Otorgándonos ese mismo año el Acuerdo de Aprobación de funcionamiento de este Centro Educativo con las modalidades de Pre básica y Básica. La aprobación de Ciclo Común con Acuerdo definitivo se llevó a cabo el 31 de diciembre del año 2002. Y la aprobación del Acuerdo definitiva de funcionamiento del Bachillerato en Ciencias y Letras se realizó el 08 de marzo de 2007, y la apertura de la nueva Carrera Bachillerato Técnico Profesional en Contaduría y Finanzas.
La primera Directora fue: Madre: Juana Margarita Espinal Pineda Sub Directora: Madre. María Floreny Morales Monge (Q.D.D.G.) y Maestra de Kínder Maestra de Primer grado: Madre Raquel Mejía Servellón. (Q.D.D.G.) Maestra de segundo grado: Madre Ofelia Guevara Domínguez. Maestra de tercer grado: Madre Juana Margarita Espinal Pineda El cuarto grado se atendía por la tarde, por las mismas madres. El día 17 de febrero se inauguró la Escuelita “EL ESPIRITU SANTO “como se le llamaba, con una Santa Misa y bendición de las instalaciones; después se procedió a realizar los actos escolares.
